dsh-wetflow
用于项目、证据和经研究人员批准的工作流程的研究工作空间。
插件会安装到这里；不确定时保持 web。
npx -y @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add github:c4i890/dsh-wetflow#560e937c49e1c9082cfe416fb39d28e33c4ebfd1
Wetflow 以 dsh-wetflow 发布，当前版本为 0.1.0-alpha.1。Plugin Hub 会校验它的 manifest，并保存精确安装来源，便于复现安装结果。
DSH–WetFlow 是一个面向生物研究的 DeepSeek Harness 社区插件。它把项目资料、实验流程、测量记录、研究者审批和分子动力学工具放进同一工作台，Agent 也能在对话中使用这些能力。
这是预览版本，当前验证环境为 DSH 0.2.1-rc.5、Linux／WSL、Node.js 22.22、Python 3.12、Bubblewrap 和 OpenMM 8.6.1 CPU。原生 Windows 与 macOS 尚未适配。项目独立于 DeepSeek 官方维护。
安装 Node.js、pnpm 和 DSH 0.2.1-rc.5，并在 Linux 或 WSL 中安装 bubblewrap 与 Python 3.11 以上版本。Ubuntu 示例：
sudo apt install bubblewrap python3-venv
npm install -g pnpm @deepseek-ai/dsh@0.2.1-rc.5
从 Releases 下载安装包，在文件所在目录运行：
dsh plugin --profile web add ./dsh-wetflow-0.1.0-alpha.1.tgz
dsh web
打开 DSH 后，从左侧进入生物工作台，选择 DSH 工作区并创建或选择项目。按 DSH 显示的认证链接进入页面。
如需运行分子动力学，创建 Python 环境并指定其解释器：
python3 -m venv "$HOME/.local/share/dsh-wetflow/venv"
"$HOME/.local/share/dsh-wetflow/venv/bin/python" -m pip install openmm==8.6.1 numpy==2.5.3
export DSH_WETFLOW_MD_PYTHON="$HOME/.local/share/dsh-wetflow/venv/bin/python"
dsh web
GPU 平台需要自行安装相应的 OpenMM 和驱动，当前发布包只验证过 CPU。系统门禁需要可运行的 Bubblewrap 用户命名空间；若系统不支持，普通命令会停止执行并在工作台提示。可通过 DSH_WETFLOW_BWRAP 指定 Bubblewrap 路径。
在工作区导入实验资料后，可以让 Agent 检索来源、整理方案、提出流程推进申请或提交测量。实验阶段变更和测量写入需要研究者确认。文献数据与实际测量应分别记录。
MD 支持导入 PDB 和 OpenMM System XML，或使用 Amber14 准备标准体系。Agent 也可以在普通工作区编辑、运行准备脚本，再将生成文件和脚本副本导入当前实验运行。模拟结果包含结构、轨迹、状态与参数；常规 MD 不模拟化学成键。PMA–DA 投料比工具用于比较已保存的汇总报告。
命令在独立沙盒中运行，可读写普通工作区；受控记录由服务管理。公网 HTTP(S) 可经代理访问，直接访问本机及私有网络受限。
源码包解压后，在根目录运行：
npm ci --ignore-scripts
npm run build
npm run doctor
npm test
构建使用 wetflow/package-lock.json 安装并构建内嵌 WetFlow；MD 测试还需要上面的 Python 环境。npm run release 在 release/ 生成安装包和源码包。插件不包含 API 密钥，模型账号在 DSH 中自行配置。
代码采用 Apache-2.0；内嵌 WetFlow 保留其许可证。第三方依赖及 DSH 使用各自许可证，见 NOTICE。